אנטיביוטיקה מצילה חיים, אך עלולה לפגוע בחיידקים הטובים בגוף. המעי מכיל מיליארדי חיידקים החיוניים לבריאותנו, ואנטיביוטיקה הורסת גם אותם. השפעת הטיפול משתנה מאדם לאדם, והנזק עלול להצטבר עם השימוש החוזר. תזונה עשירה בסיבים מסייעת בשיקום החיידקים לאחר הטיפול. חוקרים מפתחים אנטיביוטיקה ממוקדת יותר ופרוביוטיקה להגנה על המיקרוביום.