היכן היה חיל האוויר בשעות הראשונות של המלחמה? במהלך התחקירים שבוצעו בצה"ל בנושא, טענו גורמים בחיל האוויר כי לא היתה בידיהם – או בידי שאר בכירי המטה הכללי – תמונה מלאה של המתרחש בזמן אמת. אלא שמידע חדש שהגיע ל"וואלה" מעלה תהיות מה באמת ידעו בחיל האוויר בתחילת השבת השחורה, ומתי ידעו זאת.
בימים אלה, לקראת סיכום תחקירי המחדל, מתעצמות המחלוקות בצמרת צה"ל. התחקיר שהוצג לפורום מטכ"ל.
לשיחה בשבת לפנות בוקר, סמוך למתקפה, שבה דנו הרמטכ"ל רא"ל הרצי הלוי ומפקד פיקוד הדרום אלוף ירון פינקלמן במודיעין מרצועת עזה, וניסו להעריך מהן כוונותיו של חמאס. מהתחקיר המטכ"לי עולה, בין השאר, כי ראש אגף המבצעים אלוף עודד בסיוק לא התבקש להצטרף לשיחה זו, אלא הצטרף אליה על דעת עצמו ומיוזמתו. אחריה, הנחה בסיוק את ראש חטיבת המבצעים.
ב-06:29 החלה מתקפה אווירית וקרקעית על העורף הישראלי. סמוך לשעה 06:36 ניהל הרמטכ"ל הלוי שיחה עם מפקד חיל האוויר, אלוף תומר בר, על המתרחש. תוכן השיחה לא נחשף בתחקיר, אך ידוע כי הוא נגע לנעשה ברצועת עזה.
ב-07:05 העביר ראש לשכתו של בסיוק הודעה בקבוצת הווטסאפ של רל"שי אלופי מטכ"ל, על מעבר ל"מלחמה". לא ידוע מי הנחה אותו להעביר הודעה ברוח זו, ועד כה יש ויכוח על משמעותה. כך או אחרת, לדברי גורמים המצויים בפרטי התחקיר, צילום הודעת הווטסאפ הוצג לאלופי המטכ"ל במעמד הצגת התחקירים, ועימו הפרשנות שאווירת הדחיפות והמיידיות הועברה מהמטה הכללי לחילות. זאת, נוסף על ההנחיה לגייס 100 אלף חיילים ללא אישור דרג מדיני.
גורמים המצויים בפרטי התחקירים המטכ"ליים מתעקשים כי בשעות הראשונות של המלחמה היה היקף שיחות חריג מאוד בין ראש חטיבת המבצעים ואנשי החטיבה לבכירי חיל האוויר. באותן שיחות, אומרים הגורמים.
בוואלה נחשף כי בחיל האוויר כי "הרדימו את החיל": מפקד חיל האוויר, אמרו, לא הועלה לשום הערכת מצב (ככל הנראה הכוונה היא ללילה שקדם למתקפה; א"ב), ורק קיבל סיכומים לאחר מעשה. הגורמים ציינו גם כי היה קיים קושי, אחרי מתקפה כה רחבה ומפתיעה, להקפיץ את החיל כולו אל הבסיסים, לחמש מטוסים, להמריא ולהתחבר לכוחות כדי לקבל תמונת מצב. לטענת הגורמים, רוב ניסיונות ההכוונה של חיל האוויר בוצעו מתוך חמ"לים ומיגוניות, בלי לראות מה קורה בחוץ. עוד הם מדגישים כי המדיניות של חיל האוויר, החל מהשעה 07:15 בבוקר השבת השחורה, היתה "להמריא עם מה שיש, לחבור לכוחות בשטח ולעשות מה שאתם רואים לנכון", כלשון גורמים בחיל.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה כי "ב-7 באוקטובר צה"ל, ובתוכו חיל האוויר, כשל במשימתו. לצד זאת, חיל האוויר עמד בכלל הכוננויות המבצעיות ואף מעבר לכך. מטוסי קרב, כטמ"מים ומסוקי קרב ביצעו מאות רבות של תקיפות וחיסלו מאות מחבלים בסמוך ליישובים ובמרחב הגדר. חיל האוויר ימשיך לפעול בשותפות עם כלל הגופים בצה"ל וזרועות הביטחון ככל שניתן לשמירה על ביטחון המדינה ואזרחיה". לפי התגובה, בצבא עדיין נמצאים בעיצומו של הליך התחקור המבצעי של אירועי 7 באוקטובר ומה שקדם להם, כולל הלילה שלפני המתקפה. בצה"ל הוסיפו עוד כי "הפרטים המוצגים בכתבה אינם מהווים את הסיכום הרשמי של התחקיר בנושא".