הכתב ירון אברהם מדווח כי היחסים בין נתניהו לזמיר, בין ראש הממשלה לרמטכ"ל, רצופים בשבועות האחרונים בלא מעט היתקלויות מילוליות, אי הסכמות וזעם של נתניהו על זמיר. זה גם הרקע להחלטה של ראש הממשלה לבצע את כל הליך המינוי הזה תוך שהוא מסתיר מהרמטכ"ל את הפגישה הראשונית עם זיני, ומעדכן את הרמטכ"ל דקות ספורות בלבד על החלטתו למנות אותו לראש השב"כ.
מקורות בסביבת נתניהו מתארים: "היחסים בין ראש הממשלה לרמטכ"ל מורכבים. הרמטכ"ל מתנגח בו לא פעם והתחושה היא שהוא נטרף בכל פעם שראש הממשלה אומר: "אני מנחה" ו"אני מורה". ראש ממשלה מעריך אותו מקצועית ומרוצה מתפקודו, אבל מרגיש שהוא "עושה לו דווקא", מנסה להוכיח שהוא איתן ומוצק, למרות שאף אחד לא חושב אחרת. זה מגיע לכדי מצבים צורמים בדיונים. זאת גם הסיבה שראש הממשלה לא עדכן אותו בזמן על מינוי דוד זיני. הוא לא סמך עליו שלא יטרפד את המינוי ורצה להציב לו עובדה מוגמרת". זאת הסיבה לכך שנתניהו עשה את הדברים מעל ראשו של הרמטכל.
בלשכת ראש הממשלה מכחישים, בדובר צה"ל החליטו שלא להתייחס לידיעה.