חכם מאיר יונה נולד לאמו ולאביו חכם מוסה יונה בשנת תרע"ח (1917) בג'רבא שבטוניס. מקורה של משפחת יונה בתימן, אך סבו, חכם זכריה יונה, עבר לג'רבא בעודו אברך, ולימים נודע כאחד מגדולי מקובלי ג'רבא. בנו, מוסה, היה סוחר ומוהל.

חכם מאיר יונה למד תורה בג'רבא אצל חכם מקיקץ דידי, חכם מקיקץ שלי, חכם חיים חורי, חכם רחמים חי חויתה הכהן, והחכם אוזיפה כהן. בהיותו בן תשע-עשרה עבר מג'רבא לגאבס, שם הוסמך לרבנות וכיהן כרב. שנתיים לאחר מכן, נשא לאשה את מישה לבית חדד, ויחד עימה עבר לעיירה דוז', שם שימש כרב וכשוחט.

בשנת תש"ג (1943), בהיותו בן עשרים ושש, עזב את טוניס יחד עם משפחתו ועבר למרסיי שבצרפת, במטרה לעלות לארץ ישראל. במרסיי כיהן כרב באופן לא רשמי. בשנת תש"י (1950), חכם מאיר יונה עלה לארץ ישראל, והתיישב במחנה העולים בפרדס חנה. למרות קשיי הקליטה, לימד קרוא וכתוב לילדי העולים. לימים שימש כרבה של רמת ישי – בית שערים.

הרב מאיר יונה היה בין מניחי אבן הפינה לישוב מגדל העמק, ועם הקמתה עבר אליו עם משפחתו. במגדל העמק שימש כרב המקומי הראשון במשך כ-31 שנים, מתוכן כ-26 שנים כראש המועצה הדתית ללא שכר.

הרב מאיר יונה נפטר ביום כ"ב אדר ב' תשמ"ד (1983).

בין ספריו: 'מי ומי' – פירוש להגדה של פסח ו'בית מאיר' – אוסף שו"ת וחידושים על הש"ס וספרי התנ"ך.