דו"ח חדש שמציג מבקר המדינה מתניהו אנגלמן בנושאים כלכליים ואחרים, ממליץ בין היתר לראש הממשלה נתניהו לבחון את נחיצות המשרד לשיתוף פעולה אזורי של השר דודי אמסלם, זאת בעקבות מסקנות הדוח כי מרבית השקעות המשרד בפרויקטים ירדו לטמיון.

על פי הדו"ח, התקציב השנתי במשרד בשנים האחרונות עומד על בין 39 ל-74 מליון שקל, כאשר שיעור הביצוע במשרד עומד על 48-38 אחוז בלבד, וכן 40% ממדדי ההצלחה של התוכניות בשנים האחרונות לא הושגו באופן מלא.

כמו כן מצוין בדו"ח כי 26 שנים חלפו מאז המועד שבו נחתם מול ממלכת ירדן ההסכם להקמת פרויקט שער הירדן, אך בפועל הקמתו נעצרה. וכן 15 שנים חלפו ממועד החלטת הממשלה על הקמתה של ועדת שרים לשיתוף פעולה אזורי, אך הוועדה לא הוקמה.

עוד הודגש בעניין זה כי "המשך העיכוב של פרויקט שער הירדן עלול לגרום לאובדן התועלות הכלכליות אשר היו טמונות בו לכתחילה ולאובדן השקעה של למעלה מ-60 מיליוני ש"ח, ויש בו כדי לפגוע ביחסי האמון שבין ממלכת ירדן למדינת ישראל". וכן אי-השגת מרבית מדדי ההצלחה והמדדים המרכזיים של המשרד עשויה להעיד על תכנון לקוי של תוכנית העבודה השנתית ושל קביעת מטרות המשרד ויעדיו, על שימוש לא יעיל ולא מועיל של המשרד במשאביו ועל קשייו להתמודד עם שינויים ועם אירועים לא צפויים המתרחשים בסביבתו".

מתוך כך, נטען בדו"ח "מבקר המדינה מתניהו אנגלמן ממליץ כי ראש הממשלה והשר לשתפ"א יבחנו את נחיצותו של המשרד לשתפ"א כמשרד עצמאי, נוכח האמור בדוח ביקורת זה. אם יימצא כי פעילות המשרד לשתפ"א כמשרד עצמאי אכן נחוצה, נדרש להסדיר את תחומי אחריותו וסמכויותיו ולגבש בהקדם תוכנית אסטרטגית הכוללת משימות ויעדים לפעילותו, ולפעול ליישומה של תוכנית זו".